针对您提出的“处罚施工企业未持有夜间施工的合法证明且夜间施工扰民，该如何完善证据”的问题，以下是一些具体的建议和指导：

一、明确法律依据

首先，要明确相关的法律依据。例如，《中华人民共和国噪声污染防治法》和《上海市环境保护条例》等法规都明确规定了夜间施工的相关要求以及未取得合法证明进行夜间施工的法律责任。这些法规为处理此类问题提供了明确的法律基础。

二、收集证据的方法

1. 现场取证：

   • 录音录像：使用录音设备或手机等电子设备，记录夜间施工产生的噪音情况。确保录音录像清晰、完整，能够准确反映施工噪音的实际情况。
   • 拍照：拍摄施工现场的照片，特别是施工铭牌、施工设备、施工时间等关键信息，以证明施工活动的存在和时间。

2. 居民投诉记录：

   • 收集周边居民的投诉记录，包括投诉时间、投诉内容、投诉人信息等。这些记录可以作为施工扰民的证据之一。

3. 官方证明查询：

   • 向当地生态环境部门或住房和城乡建设部门查询施工单位是否取得了夜间施工的合法证明。如果未取得证明，这一查询结果本身就是有力的证据。

4. 其他相关证据：

   • 如有可能，收集施工单位的施工计划、施工合同等文件，以证明施工单位是否存在未按规定进行夜间施工的行为。

三、证据的整理和保存

1. 整理证据：将收集到的证据进行分类、整理，形成完整的证据链。确保每一份证据都能够清晰地证明施工单位的违法行为。

2. 保存证据：将整理好的证据妥善保存，防止丢失或损坏。同时，确保证据的原始性和真实性，避免在后续处理过程中产生争议。

四、提交证据和举报

1. 向相关部门提交证据：将收集到的证据提交给当地生态环境部门、住房和城乡建设部门或城市管理部门等负责处理此类问题的部门。

2. 进行举报：如果施工单位的行为严重扰民且拒不改正，可以向相关部门进行举报，要求依法进行处理。

五、注意事项

1. 确保自身安全：在收集证据的过程中，要注意自身安全，避免与施工单位发生冲突或危险情况。

2. 遵循法律程序：在提交证据和举报时，要遵循法律程序，确保自己的行为合法、有效。

综上所述，通过明确法律依据、收集证据、整理和保存证据以及提交证据和举报等步骤，您可以有效地完善证据并处理施工企业未持有夜间施工的合法证明且夜间施工扰民的问题。