证监会确实会对公司债券发行中的违规行为进行处罚。

根据公开发布的信息，证监会对于债券发行中的欺诈发行、信息披露违法等行为，会依法采取严厉的处罚措施。例如，在某债券发行人欺诈发行及信息披露违法案中，证监会依据《证券法》的相关规定，对债券发行人责令改正、给予警告并罚款，同时对时任董事长、实际控制人以及其他责任人进行了罚款和市场禁入等处罚。这表明证监会在维护资本市场秩序、保护投资者合法权益方面有着严格的监管措施和执法力度。

另外，从“人无信不立，企业无信难求发展”这一稽查执法宣传案例中也可以看到，证监会对于欺诈发行的行为是零容忍的，会依法对违规企业和相关责任人进行处罚。这再次强调了诚信在资本市场中的重要性，以及证监会对于维护市场诚信基础、保障投资者权益的决心。

综上所述，证监会对于公司债券发行中的违规行为会依法进行处罚，以维护资本市场的公平、公正和透明。同时，也提醒各发行人和相关责任人应严格遵守法律法规，切实履行信息披露义务，确保投资者能够获取真实、准确、完整的信息，从而做出合理的投资决策。