呼格案最后判死刑的原因在于当时的司法判决基于一系列的证据和法律规定，但这一判决在后来的再审中被认为存在事实不清、证据不足的问题，因此被撤销，并宣告呼格吉勒图无罪。

具体来说，呼格吉勒图在1996年被认定为一起奸杀案的凶手，并很快被法院判处死刑并立即执行。然而，在2005年，另一名犯罪嫌疑人赵志红落网后，主动交代了该起奸杀案是自己所为，这引发了呼格案的再审。在再审过程中，法院发现原审认定呼格吉勒图犯故意杀人罪、流氓罪的事实不清，证据不足。主要理由包括：

1. 呼格吉勒图供述的犯罪手段与尸检报告结论不符；
2. 血型鉴定结论不具有排他性，不能证实呼格吉勒图实施了犯罪行为；
3. 呼格吉勒图的有罪供述不稳定，且与其他证据存在诸多不吻合，有翻供情形。

基于以上理由，内蒙古自治区高级人民法院撤销了原审判决，宣告呼格吉勒图无罪。这一判决体现了司法公正和法治精神，也提醒我们在司法实践中必须严格遵守证据规则，确保判决的准确性和公正性。