《中华人民共和国动物防疫法》第二次修改的主要目的是为了进一步加强对动物防疫活动的管理，预防、控制、净化、消灭动物疫病，促进养殖业发展，防控人畜共患传染病，以及保障公共卫生安全和人体健康。具体来说：

1. 完善动物疫病分类与管理：通过修订，更加明确地根据动物疫病对养殖业生产和人体健康的危害程度，对动物疫病进行分类管理，并详细列举了各类疫病的具体病种名录，以便更有效地采取防控措施。

2. 强化动物防疫方针与措施：修订后的法律继续坚持预防为主，预防与控制、净化、消灭相结合的方针，并鼓励社会力量参与动物防疫工作，形成全社会共同参与的防疫格局。

3. 实施强制免疫制度：为了更有效地控制动物疫病，修订后的法律对严重危害养殖业生产和人体健康的动物疫病实施了强制免疫制度，确保饲养动物的单位和个人履行强制免疫义务。

4. 加强动物疫病监测与预警：通过修订，进一步完善了动物疫病监测和疫情预警制度，以便及时发现、报告和处理动物疫病，防止疫情扩散。

5. 明确法律责任与保障措施：修订后的法律还详细规定了违反动物防疫法规定所需承担的法律责任，并明确了各级人民政府和有关部门在动物防疫工作中的保障措施，确保法律的有效实施。

综上所述，《中华人民共和国动物防疫法》的第二次修改是为了更好地适应动物防疫工作的新形势和新要求，通过完善法律制度、强化防控措施、加强监测预警等方式，全面提升我国动物防疫工作的水平和能力。