关于“医疗机构未执行药品零差率由哪个部门处理”的问题，以下是我的详细解答：

结论：医疗机构未执行药品零差率，主要由卫生健康行政部门负责处理。

分析说明：

1. 药品零差率的定义与意义：

   • 药品零差率是指医疗机构在销售药品时，按照进价销售，不加价产生利润，这是国家为了减轻患者负担、改革药品价格机制而实施的一项政策。

2. 监管部门的职责：

   • 根据相关法律法规及政策规定，卫生健康行政部门是负责医疗卫生行业监管的主要部门，包括对医疗机构的药品价格、医疗服务质量等方面的监督和管理。
   • 医疗机构未执行药品零差率，违反了国家关于药品价格的政策规定，因此应由卫生健康行政部门进行处理。

3. 处理措施：

   • 卫生健康行政部门在发现医疗机构未执行药品零差率后，会进行调查核实，并根据违规情况采取相应的处理措施，如警告、罚款、通报批评等。
   • 同时，卫生健康行政部门还会督促医疗机构整改，确保其严格执行药品零差率政策，保障患者的合法权益。

4. 法律依据：

   • 虽然具体的法律法规条款可能因地区和时间的不同而有所差异，但通常都会明确卫生健康行政部门对医疗机构的监管职责，以及医疗机构违反政策规定应承担的法律责任。

综上所述，医疗机构未执行药品零差率，应由卫生健康行政部门负责处理。如果你或你身边的人遇到了相关问题，可以直接向当地的卫生健康行政部门反映情况，寻求帮助和解决方案。