关于“协议书土地实际性质不符协议书是否有效”的问题，我们不能一概而论，而需要根据具体情况来分析。以下是我基于法律知识和实践经验给出的详细解答：
一、核心结论
协议书土地实际性质不符，其有效性需视具体情况而定。若不符情形导致协议违反法律法规强制性规定，或影响合同核心权利义务，则协议可能部分或全部无效。反之，若不符未实质影响合同核心内容，且双方已默许或修正，协议仍可能有效。
二、具体情况分析
违反法律法规强制性规定：
- 如果协议书中关于土地性质的描述与实际不符，且这种不符违反了国家关于土地管理的法律法规（如土地用途管制、土地性质变更程序等），那么该部分约定将被视为无效。
- 在这种情况下，整个协议的有效性也可能受到影响，尤其是当土地性质是协议履行的关键要素时。
影响合同核心权利义务：
- 如果土地实际性质与协议不符，且这种不符对合同双方的核心权利和义务产生了实质性影响（如导致合同目的无法实现），那么协议可能因此而被视为无效或部分无效。
- 例如，如果买方购买的是用于商业开发的土地，但实际土地性质为农业用地，且无法合法变更为商业用地，那么买方有权主张协议无效或要求赔偿。
双方默许或修正：
- 如果土地实际性质与协议不符，但双方在协议执行过程中已经通过实际行动对不符之处予以默许或修正（如通过补充协议、口头约定等方式），并且这种修正未违反法律法规强制性规定，那么协议仍然有可能被视为有效。
- 在这种情况下，双方应确保修正后的协议内容明确、具体，并符合法律法规要求。
三、法律建议
- 审查协议内容：在签订协议前，务必仔细审查协议中关于土地性质的描述，确保其与实际相符。
- 咨询专业人士：在涉及土地交易时，建议咨询专业的律师或房地产顾问，以确保交易的合法性和安全性。
- 保留证据：在协议执行过程中，注意保留相关证据（如协议文本、沟通记录、履行凭证等），以便在发生争议时维护自身合法权益。
综上所述，协议书土地实际性质不符其有效性的判断需综合考虑多种因素。如您在此方面遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。