第三方鉴定不能代替竣工验收备案。竣工验收备案是建设工程项目完成后的法定程序，它涉及到工程项目的质量、安全、规划、消防、环保等多个方面的验收和备案。而第三方鉴定虽然可以对工程项目的某些方面进行鉴定，但其性质和目的与竣工验收备案是不同的。

具体来说，竣工验收备案是建设单位按照相关法律法规和规定，组织设计、施工、监理等单位对工程项目进行全面验收，并将验收结果报相关部门备案的过程。这个过程是工程项目交付使用前的必经环节，也是确保工程项目质量和安全的重要手段。

而第三方鉴定通常是在工程项目出现争议或需要评估时，由具有鉴定资质的机构对工程项目的某些方面进行客观、公正的鉴定。虽然第三方鉴定可以提供一定的参考依据，但它并不能替代竣工验收备案的法定程序。

此外，需要注意的是，不同地区的政策和规定可能有所不同。在某些地区，可能会有一些特殊的规定或政策允许在特定情况下以第三方鉴定代替竣工验收备案的某些环节。但这种情况并不普遍，且通常需满足一定的条件和程序。

因此，建议建设单位在工程项目完成后，严格按照相关法律法规和规定进行竣工验收备案，以确保工程项目的合法性和安全性。如果遇到相关问题或争议，可以咨询当地相关部门或专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。