土地使用权协议公证本身并不直接决定协议的效力，但可以增强协议的证据效力和可信度。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 公证的效力：

   • 公证是公证机构根据申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性进行证明的活动。经过公证的土地使用权协议，能够显著增强协议的证明力和可信度，为双方提供更有力的法律保障。

2. 土地使用权协议的效力：

   • 土地使用权协议的效力主要取决于协议内容是否合法、双方是否自愿以及是否遵守了相关法律法规的规定。如果协议内容合法、双方自愿且符合相关法律法规，那么该协议就是有效的，无论是否经过公证。

3. 公证对协议效力的影响：

   • 虽然公证不是土地使用权协议生效的必经程序，但经过公证的协议在发生争议时，可以作为强有力的证据来支持协议的有效性。公证机构作为第三方权威机构，其出具的公证书在司法程序中具有较高的证明力。

4. 需要注意的情况：

   • 如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，如将农用地未经合法审批用于非农业建设，那么即使经过公证，该协议也是无效的。因为法律的强制性规定具有最高效力，不能通过当事人的约定来排除适用。
   • 另外，如果签订协议的一方对土地没有合法的处分权，如未经其他共有人同意擅自处分共有土地使用权，那么该协议可能会因无权处分而存在效力瑕疵。在这种情况下，即使进行了公证，也不能改变其可能存在的无效或效力待定状态。

综上所述，土地使用权协议公证本身并不直接决定协议的效力，但可以增强协议的证据效力和可信度。在签订土地使用权协议时，双方应确保协议内容的合法性、真实性和有效性，并严格遵守相关法律法规的规定。如遇纠纷或争议，应及时寻求法律意见，并通过法律途径解决。