企业有义务配合做矿产冲突调查。这一义务主要基于以下几个方面的考虑：

1. 法律法规的明确要求：

   • 根据我国相关法律法规，企业在从事矿产资源开发利用活动时，必须遵守国家法律法规，接受政府部门的监督和管理。这包括配合政府部门进行的矿产冲突调查，以确保矿产资源的合法、合规开发。

2. 保护公共利益和矿产资源安全：

   • 矿产冲突调查旨在保护公共利益，防止非法采矿、矿产资源争夺等引发的社会矛盾和冲突。企业作为矿产资源开发利用的主体，有责任配合政府部门的调查工作，共同维护矿产资源的安全和稳定。

3. 企业的社会责任：

   • 企业不仅应追求经济效益，还应承担社会责任。配合矿产冲突调查是企业履行社会责任的一种体现，有助于提升企业的社会形象和声誉。

4. 避免法律风险：

   • 如果企业拒绝配合矿产冲突调查，可能会面临法律风险和行政处罚。因此，为了规避这些风险，企业有必要积极履行配合义务。

综上所述，企业有义务配合政府部门进行的矿产冲突调查。这不仅是对法律法规的遵守，也是对公共利益、矿产资源安全以及企业自身利益的维护。如果企业在配合调查过程中遇到任何问题或疑虑，可以及时向相关部门咨询或寻求专业法律意见。