银行流水在特定情况下可以作为证明劳动关系的一项证据，但需要结合其他因素进行综合判断。

首先，如果银行流水显示单位按月固定向劳动者发放工资，并且有“工资”等明确备注，同时这些支付记录与劳动者的工作时间相对应，那么这样的银行流水可以作为认定劳动关系的重要证据。它证明了用人单位与劳动者之间存在经济上的给付关系，这是劳动关系的一个重要特征。

然而，仅靠银行流水来证明劳动关系可能是不足的。因为银行流水本身可能无法明确款项的具体性质，例如这些款项可能是工资，也可能是其他类型的经济往来。因此，在认定劳动关系时，还需要结合其他证据，如劳动合同、工作证、考勤记录、同事证言等，来形成一个完整的证据链。

此外，如果单位能够证明这些款项并非工资而是其他经济往来，那么银行流水在证明劳动关系方面的作用就会受到限制。因此，在劳动纠纷中，劳动者应尽可能收集多方面的证据来增强自己的证明力，以有效维护自身的合法权益。

综上所述，银行流水可以作为证明劳动关系的一项辅助证据，但需要结合其他证据进行综合判断。在劳动纠纷中，建议劳动者全面收集相关证据，以确保自己的权益得到充分保障。