如果一家公司的法人同时是商标代理机构的法人，那么其余公司不能自行注册商标，而应通过商标代理机构进行。下面是对此结论的详细分析：

一. 商标代理机构的特殊性

1. 根据《中华人民共和国商标法》第十九条的规定：“商标代理机构除对其代理服务申请商标注册外，不得申请注册其他商标。” 这意味着，商标代理机构本身具有特殊的法律地位，其主要职责是代理客户进行商标注册，而不能为自己或关联公司申请商标。

二. 法人关联公司的限制

1. 由于法人同时是商标代理机构的法人，其余公司虽与商标代理机构在法人层面上存在关联，但并不能因此获得自行注册商标的特权。相反，这种关联关系更强调了应遵守商标法的相关规定，避免利用关联关系进行不正当的商标注册行为。
2. 如果关联公司自行注册商标，可能会引发商标权纠纷，甚至可能因违反商标法的相关规定而面临法律制裁。

三. 正确的做法

1. 对于想要注册商标的关联公司，应当通过正规的商标代理机构进行申请，以确保商标的合法注册和保护自己的商标权益。
2. 商标代理机构应严格遵守法律规定，不得为关联公司提供特殊的商标注册便利，而应按照正常的代理流程和服务标准进行处理。

综上所述，如果一家公司的法人同时是商标代理机构的法人，那么其余公司不能自行注册商标，而应通过商标代理机构进行。这是为了维护商标法的严肃性和公正性，避免利用关联关系进行不正当的商标注册行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。