当您发现承包工厂土地合同丢失时，不必过于担心，因为有一些有效的补救措施可以帮助您解决这个问题。以下是一些具体的步骤和建议：

一、尝试复印合同

1. 与对方协商：首先，您可以尝试与合同的另一方（如发包方或工厂土地的所有者）进行协商，请求复印他们留存的合同文本。
2. 确认复印件：复印完成后，双方应在复印件上签字，以确认其与原件的一致性。
3. 申请查阅原始档案：如果对方拒绝提供复印件，您可以向发包方或当地县级以上地方农业行政主管部门提出查阅原始合同档案的申请。根据相关法律法规，他们有义务协助您查阅并提供相关资料。

二、收集其他证据

即使合同丢失，您也可以通过收集其他证据来证明承包关系的存在。这些证据可能包括：

1. 土地交付使用凭证：例如交接时的书面记录或相关文件。
2. 租金支付凭证：如转账记录、收据等，这些可以证明您已经按照合同约定支付了租金。
3. 证人证言：了解承包情况的人所提供的证词，也可以作为证明承包关系的辅助证据。

三、申请合同补办

如果上述方法无法解决问题，您还可以向当地县级以上地方农业行政主管部门或乡镇政府提出合同补办申请。在提交申请时，您可能需要提供一些证明材料，如身份证明、土地使用情况说明等。政府相关部门会审核您的申请，并出具相应的证明材料。之后，您可以到县档案局查询原始资料，农村经营管理部门审核通过后会予以补办。

四、法律依据

根据《农村土地承包法》的相关规定，承包合同自成立之日起生效，承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。这意味着即使合同丢失，您的土地承包经营权仍然受法律保护。因此，在发生纠纷时，您可以依据相关法律法规和收集到的证据来维护自己的权益。

综上所述，当您发现承包工厂土地合同丢失时，应首先尝试与对方协商复印合同或申请查阅原始档案；如果无法获取复印件或原始档案，可以积极收集其他证据来证明承包关系的存在；最后，如果必要的话，您可以向相关部门提出合同补办申请。在整个过程中，请保持冷静和耐心，并依据相关法律法规来维护自己的合法权益。