妹妹在父母生前买的公墓费用，不应从遗产中扣除，除非有特别约定。以下是详细分析：

一. 公墓费用的性质

1. 公墓费用通常被视为对父母的生前赠与或赡养费用的一部分，而非遗产继承中的债务。
2. 除非在购买公墓时，家庭成员之间有明确的约定，表明该费用将来会从遗产中扣除，否则，它不应被视为遗产继承时需要考虑的因素。

二. 遗产继承的原则

1. 根据《继承法》（现为《民法典》继承篇）的相关规定，遗产是公民死亡时遗留的个人合法财产。
2. 遗产继承应遵循法定继承、遗嘱继承或遗赠扶养协议等原则进行。
3. 公墓费用并不属于遗产继承中需要特别考虑的债务或费用，因此，在没有特别约定的情况下，不应从遗产中扣除。

三. 实际处理建议

1. 查看约定：首先，应查看在购买公墓时是否有明确的家庭约定或协议，表明该费用将来会从遗产中扣除。
2. 协商处理：如果没有特别约定，但家庭成员之间对此有争议，建议通过协商的方式解决。可以考虑妹妹在购买公墓时的出资情况、其他家庭成员的意见以及遗产的整体分配情况等因素进行协商。
3. 遵循法律：在协商无果或争议较大的情况下，应遵循相关法律规定进行处理。如有必要，可以寻求法律途径解决争议。

综上所述，妹妹在父母生前买的公墓费用，在没有特别约定的情况下，不应从遗产中扣除。如有进一步需要，您可以继续咨询我。