信用卡协商还款后，银行规定90天才能开具结清证明的做法并不罕见，这通常是银行内部的一种操作流程或风险管理措施。以下是对此情况的详细分析：

一. 银行操作流程与风险管理

1. 内部流程规定：银行在信用卡协商还款后，可能需要一段时间来更新账户状态、核对还款记录，并进行相关的账务处理。因此，规定90天后才能开具结清证明，可能是为了确保所有账务信息已经准确无误地得到处理。

2. 风险管理措施：银行为了防范潜在的风险，如持卡人可能出现的再次逾期或欺诈行为，会采取一些谨慎的措施。规定90天的等待期，也是银行对持卡人信用状况进行再次评估的一个过程，以确保在开具结清证明前，持卡人的账户确实已经没有任何欠款。

二. 持卡人应对策略

1. 了解并遵守银行规定：既然银行有这样的规定，持卡人首先需要了解并遵守。在等待期间，可以保持与银行的沟通，了解账户的最新状态，并确保没有任何遗漏的欠款或费用。

2. 提前规划：如果持卡人需要使用结清证明来申请贷款、新信用卡或其他金融活动，应提前规划好时间，确保在90天的等待期结束后能够及时获得证明。

3. 保持良好信用记录：在等待期间，持卡人应继续保持良好的信用记录，避免任何可能影响信用的行为，如逾期还款、恶意透支等。

三. 法律与合规性

1. 银行规定的合法性：银行规定90天才能开具结清证明，并不违反任何法律法规。这是银行根据自身运营风险和流程管理需要而制定的内部规定。

2. 持卡人权益保护：虽然银行有这样的规定，但持卡人的合法权益仍然受到保护。如果持卡人认为银行的处理不当或存在违规行为，可以通过合法途径进行投诉或维权。

我建议：在等待期间，持卡人可以积极与银行保持沟通，了解账户状态，并提前规划好需要使用结清证明的相关事宜。同时，也要继续保持良好的信用记录，以确保自己的信用状况不受影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。