网贷借款1万元，分12期每月还1004元，并额外收取999元会员费的情况，需具体分析其合法性，尤其是会员费的收取是否合法需严格审视。以下是对此问题的详细分析：
利率与还款计算：
- 借款本金为1万元，分12期偿还，每期还款1004元。
- 使用等额本息还款法计算，若不考虑额外会员费，真实的年化利率需通过公式计算得出，但初步判断应关注其是否超过法定上限。
- 若年化利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍（目前约为14.2%），则可能构成高利贷，超出部分的利息不受法律保护。
会员费合法性分析：
- 额外收取的999元会员费，需明确其性质是否为变相的利息或费用。
- 若会员费实际上是为了规避利率上限而设置的额外费用，且未提供与费用相匹配的服务或价值，则可能构成不合法的“砍头息”或“隐形费用”。
- 根据相关法律法规，任何形式的变相高利贷或不合理费用均不受法律保护。
综合判断：
- 需结合借款合同的具体条款、会员费的服务内容、以及实际年化利率等因素进行综合判断。
- 若年化利率未超过法定上限，且会员费提供了相应的服务或价值，则可能合法。
- 若年化利率超过法定上限，或会员费构成不合理的额外费用，则不合法。
我建议：
- 首先，仔细审查借款合同，特别是关于利率、还款方式、费用等方面的条款。
- 其次，计算实际的年化利率，并与法定上限进行比较。
- 若发现存在不合法情况，如高利贷或不合理费用，应与网贷平台进行协商，要求调整还款计划或退还不合理费用。
- 若协商无果，可向相关监管部门投诉，或寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
最后，提醒您在借款前务必仔细阅读合同条款，确保所选产品符合法律法规要求，避免陷入不法借贷的陷阱。如有进一步需要，您可以继续咨询我。