开别人的摩托车违章闯红灯，扣分应当扣在实际驾驶人的驾驶证上，遵循“谁开车谁负责”的原则。具体来说：

1. 能确定实际驾驶人的情况：

   • 如果在违章时被交警现场拦下并开具处罚决定书，交警会直接记录实际驾驶人的驾驶证信息，此时闯红灯的扣分将明确记在实际驾驶人的驾驶证上。
   • 当交通技术监控设备（如电子眼）记录到摩托车闯红灯违法行为后，如果实际驾驶人主动前往交警队处理违章，并提供自己的驾驶证，那么扣分同样会记在实际驾驶人的驾驶证上。

2. 无法确定实际驾驶人的情况：

   • 如果摩托车闯红灯被电子眼抓拍，但车主无法明确指出当时具体是谁驾驶车辆，部分地方的交警部门可能会默认将违章扣分记在车主的驾驶证上。这是因为车主对自己的车辆负有管理责任，需要确保车辆合法使用，避免被他人用于违法活动。但车主应及时要求实际驾驶人去车管所处理车辆的违章情况，以避免不必要的麻烦。

综上所述，开别人的摩托车违章闯红灯时，扣分原则上是扣在实际驾驶人的驾驶证上的。但在无法确定实际驾驶人的情况下，车主可能需要承担一定的责任。因此，无论是驾驶人还是车主，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。