在员工提供医院证明的病假情况下，其病假工资的计算主要取决于员工的连续工龄、医疗期的长短以及公司政策或劳动合同的具体规定。以下是具体的分析：

1. 法定医疗期内的病假工资支付规定：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，可享有3个月到24个月的医疗期，具体时长根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定。
   • 在规定的医疗期内，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。若劳动合同或集体合同中有更高标准约定，且该标准高于当地最低工资标准的80%，则应按约定执行。

2. 病假工资的具体计算方式：

   • 医疗期在6个月以内：
     • 连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；
     • 连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发；
     • 连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发；
     • 连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发；
     • 连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
   • 医疗期超过6个月：
     • 连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发；
     • 连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发；
     • 连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。

3. 最低保障与特殊情况：

   • 无论劳动者连续工龄多长，其病假工资均不得低于当地最低工资标准的80%。
   • 经济效益好的企业，可在上述标准基础上上浮一定比例（一般不超过5%）发放病假工资。
   • 经济效益差的企业，如难以达到上述标准，经与职工代表协商并报劳动和社会保障行政部门批准后，可适当下浮，但下浮后的病假工资仍不得低于当地最低工资标准的80%。

4. 公司政策与劳动合同的影响：

   • 不同公司对于病假的处理方式和病假工资的支付标准可能存在差异，员工应查阅自己所在公司的相关规定。
   • 劳动合同是员工与用人单位之间的重要约定，如果劳动合同中明确规定了病假期间的工资支付方式，那么双方应按照合同约定执行。

综上所述，有医院证明的病假工资并非一定会被扣除，而是根据员工的连续工龄、医疗期长短以及公司政策或劳动合同的具体规定来确定支付比例。如果您有具体的病假工资问题，可以直接向我咨询，我将根据您的实际情况为您提供更详细的解答。