京东协商留用50元是否有限制，主要取决于京东的具体政策以及双方协商的具体内容。以下是对此问题的详细分析：

一. 京东的政策

1. 政策内容：京东作为电商平台，其促销、优惠、退款等政策通常由平台自行制定，并可能随时调整。关于协商留用50元的具体政策，需要参考京东平台的最新规定。
2. 政策限制：京东的政策中可能包含对协商留用金额的限制，比如最低留用金额、留用条件等。用户需仔细阅读相关政策，以了解是否有具体限制。

二. 双方协商的内容

1. 协商过程：在京东购物过程中，如果涉及退款或协商留用，用户与京东客服或商家会进行协商。协商的内容将决定留用50元是否有限制。
2. 协商结果：如果双方协商达成一致，且没有违反京东的相关政策，那么留用50元可能不受限制。但如果协商内容违反了京东的规定，或者京东政策中有明确限制，那么留用50元可能会受到限制。

三. 法律层面

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，当事人在订立合同时，应当遵循自愿原则，即根据自己的真实意愿来订立合同。因此，如果京东与用户协商留用50元，且双方均同意，那么这一行为在法律上通常是有效的。
2. 政策与法律的关系：但需要注意的是，京东的政策不能违反法律法规。如果京东的政策或协商内容违反了相关法律法规，那么这些政策或内容将是无效的。

综上所述，京东协商留用50元是否有限制，主要取决于京东的具体政策以及双方协商的具体内容。我建议用户在协商留用时，仔细阅读京东的相关政策，并与京东客服或商家明确协商内容，以确保自己的权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。