中间机构跟京东做流量给予顾客千分之后返利，这种行为是否合法，需根据具体情况来判断。

一. 合法的返利行为

1. 返利来源合法：合法的返利必须来源于合法的经营行为。这意味着，提供返利的平台或企业必须具备合法的经营资质，且其经营行为符合国家法律法规的规定，不属于非法集资、传销等违法行为。

2. 返利规则透明且公平：合法的返利应当有明确、透明的规则。这些规则应当公开告知消费者，并且在消费者参与返利活动时，能够清楚地了解到返利的计算方式、返还时间等关键信息。同时，这些规则也应当是公平的，不应存在对消费者不利的隐藏条款或歧视性规定。

3. 遵守相关法律法规：合法的返利行为应当遵守《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，即“具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗”。此外，还应避免触犯《最高人民法院关于审理非法集资刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中关于非法集资的相关规定。

4. 形式合法：如果法律规定某种形式的返利需要采取书面形式或其他特定形式，那么合法的返利就必须符合这些形式要求。

二. 可能构成违法的返利行为

1. 贿赂行为：如果中间机构或京东通过返利行为贿赂交易相对方的工作人员、受交易相对方委托办理相关事务的单位或个人等，以谋取交易机会或竞争优势，且未如实入账，则可能违反《中华人民共和国反不正当竞争法》第七条的规定。

2. 扰乱市场秩序：如果返利行为扰乱了市场正常价格秩序，如通过虚构商品交易、承诺高额返利等方式吸引消费者，可能构成不正当竞争，甚至涉嫌非法集资或传销等违法行为。

三. 我的建议

1. 明确返利规则：中间机构和京东应明确返利规则，并确保规则透明、公平，避免对消费者产生误导。

2. 遵守法律法规：在进行返利活动时，务必确保所有行为均符合相关法律法规的规定，避免触犯法律红线。

3. 如实入账：无论是合法还是非法的返利行为，经营者都必须如实入账。未如实入账的，也可能面临相应的法律处罚。

综上所述，中间机构跟京东做流量给予顾客千分之后返利的行为是否合法，需根据具体情况来判断。如果符合上述合法返利行为的条件，则可能构成合法行为；反之，则可能构成违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。