连续三年不使用撤销申请的决定，在商标局做出决定后生效，且该决定具有法律效力。具体分析如下：

一. 生效时间

• 商标局做出决定后：根据《中华人民共和国商标法》第四十九条，商标局应当自收到撤销申请之日起九个月内做出决定。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长三个月。一旦商标局做出撤销决定，该决定即生效，商标注册人将失去对该商标的专用权。

二. 法律后果

• 失去商标专用权：撤销决定生效后，商标注册人不再享有对该商标的任何权利，其他单位或个人可以自由使用该商标，而无需担心侵权问题。
• 不可恢复：除非有证据证明商标局的决定存在错误，并通过法律途径撤销该决定，否则商标注册人无法恢复对该商标的专用权。

三. 实际案例

• 例如，某公司注册了一个商标，但连续三年未使用该商标。他人向商标局提出撤销申请，商标局经过审查后做出撤销决定。该决定生效后，该公司就失去了对该商标的专用权，无法再使用该商标进行商业活动。

综上所述，连续三年不使用撤销申请的决定在商标局做出后即刻生效，且该决定具有不可逆转的法律效力。因此，商标注册人应密切关注自己商标的使用情况，确保在必要时能够提供有效的使用证据，以维护自己的商标权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。