针对“农民在耕地上种树违法了，这到底是谁的错”这一问题，首先我们要明确的是，违法行为的责任主体通常是实施该行为的个人或组织。现在，我来具体分析这个问题：
一、核心结论
农民在耕地上种树若违法，主要责任在于农民自身，因为他们作为土地的使用者，有责任了解并遵守相关的土地管理法律法规。
二、详细分析
农民的责任：
- 农民作为耕地的直接使用者，应当了解耕地的性质和用途，以及相关的法律法规。
- 在耕地上种树前，农民应当查询并了解该行为是否符合土地管理法规，特别是关于耕地保护的规定。
- 如果农民未经批准擅自在耕地上种树，违反了土地管理法规，那么他们应当承担相应的法律责任。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及《基本农田保护条例》等法律法规，永久基本农田是严格禁止发展林果业的。
- 对于一般耕地，虽然法律可能未明确禁止种树，但严格控制耕地转为其他农用地，且种植过程中不得破坏耕地的耕作层，也不得影响粮食生产。
政府部门的监管：
- 政府部门在耕地保护中扮演着重要角色，负责监督和管理耕地的使用情况。
- 如果农民在耕地上种树的行为违反了法律法规，政府部门有权责令改正，并可能处以罚款等行政处罚。
特殊情况：
- 如果农民因农业产业结构调整、生态环境保护等特殊需要，在耕地上种树前已获得政府相关部门的批准，并办理了合法手续，则该行为合法。
- 在这种情况下，农民已经履行了合法的审批程序，因此不承担违法责任。
三、建议与指导
- 农民在使用耕地时，应当加强法律意识，了解并遵守相关的土地管理法律法规。
- 在决定是否在耕地上种树前，务必查清土地的具体类型和用途，确保符合相关法律法规和政策要求。
- 如需改变耕地用途进行种树，应提前向相关部门申请并获得合法的用地审批手续。
综上所述，农民在耕地上种树若违法，主要责任在于农民自身。他们应当了解并遵守相关的土地管理法律法规，确保自己的行为合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。