卖淫嫖娼案件主要由违法行为发生地的公安机关管辖。以下是对此结论的详细分析：

一. 主要管辖原则：违法行为地管辖

1. 明确管辖地点：根据《公安机关办理行政案件程序规定》第十条，卖淫、嫖娼案件由违法行为发生地的公安机关管辖。这包括卖淫、嫖娼行为具体实施的地点，如酒店、出租屋等。此规定明确了管辖的基本原则，即“违法行为地管辖”。
2. 居住地管辖的例外：尽管在一般情况下，违法行为人居住地的公安机关也有管辖权，但涉及卖淫、嫖娼的案件是居住地管辖的例外，通常由违法行为发生地管辖，这同样基于《公安机关办理行政案件程序规定》的明确规定。

二. 特殊情况下的管辖确定

1. 交通工具上的卖淫嫖娼行为：若卖淫、嫖娼行为发生在行驶的交通工具上，如火车、长途客车等，则以行为发生时交通工具的实际停靠地点为管辖地。若无法确定实际停靠地点，由最初发现违法行为的公安机关管辖。这一规定同样依据《公安机关办理行政案件程序规定》的相关条款。
2. 涉及多个地点的卖淫嫖娼行为：若卖淫、嫖娼案件涉及多个地点，如联络、交易安排在一个地方，实际发生性行为在另一个地方，则这两个地点的公安机关都可能具有管辖权。具体由最先受理的公安机关或主要违法行为发生地的公安机关管辖，这参考了《公安机关办理行政案件程序规定》的相关规定。

三. 级别管辖与指定管辖

• 级别管辖：卖淫、嫖娼案件主要由基层公安机关（即派出所）管辖和处理，分局通常不直接介入普通治安案件。
• 指定管辖：在特殊情况下，如存在管辖权争议或案件重大复杂时，可报请共同的上级公安机关指定管辖，但在卖淫、嫖娼案件中较为少见。

综上所述，卖淫嫖娼案件主要由违法行为发生地的公安机关管辖，这一原则在《公安机关办理行政案件程序规定》中得到了明确体现。在特殊情况下，如交通工具上的行为或涉及多个地点的案件，需根据具体法律规定和案件情况来确定管辖地。同时，级别管辖和指定管辖作为补充机制，确保案件能够得到妥善处理。