关于农村土地承包经营权证上多出的土地是否会收费的问题，这并非一个简单的是或否的答案，而是需要根据具体情况和当地政策来决定的。
首先，我们要明确土地确权的目的和原则。土地确权是为了确认和登记农民承包土地的面积、边界等，以保障农民的土地权益。这个过程应该遵循依法依规、保障农民权益的原则，确保公正、准确和合法。
接下来，我们分析多出土地的可能原因及处理方式：
历史原因导致的面积差异：由于过去测量技术有限，如步量、绳测等方法的不精确性，导致现在通过更先进的测绘技术确权时面积增多。这种情况属于正常现象，一般不应收费。
土地自然淤积或改良增加面积：因河流淤积、滩涂扩张等自然原因或农民长期改良提高生产力导致的面积增加，这是自然因素或农民合理投入的结果，同样不应收费。
合法开垦：农民因自行开垦或其他合法原因增加的土地面积，在符合法律法规和政策规定的情况下，应予认可和登记，且不收费。
然而，也存在一些特殊情况可能会导致收费：
违规行为：如果农民侵占村集体公共用地、他人承包地等导致面积增加，这是违法行为，需要承担法律责任，可能面临退还土地或按标准收费的处理。
村集体合法决议：根据《中华人民共和国村民委员会组织法》，村集体有权通过合法民主程序（如村民大会）决定对多出土地适当收费，用于村集体公共事务、公益事业等。这种收费在程序上是合法的。
此外，我们还需要参考相关法律法规的依据：
《中华人民共和国土地管理法》规定，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有，由村集体经济组织或村民委员会经营、管理。因此，多出的土地作为集体土地的一部分，原则上不应向农民额外收费。
《中华人民共和国农村土地承包法》也明确指出，登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。这进一步强调了土地确权过程中不应有额外收费项目。
综上所述，农村土地承包经营权证上多出的土地是否会收费，取决于多种因素，包括土地多出的原因、当地政策以及是否存在违法行为或村集体合法决议等。因此，建议农民在遇到此类问题时，及时向当地土地管理部门咨询并了解具体政策和处理方式，以确保自身权益得到妥善维护。