针对您提出的“占用永久基本农田建房怎么追究相关责任部门和责任人”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，我们要明确，占用永久基本农田建房是严重违法行为，因为永久基本农田是确保国家粮食安全的重要基础，任何单位和个人都不得擅自占用。接下来，我将从法律责任、处理程序以及如何追究相关责任部门和责任人三个方面进行阐述。

一、法律责任

1. 行政责任：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律，占用永久基本农田建房将面临责令限期拆除新建建筑物、恢复土地原状等处罚。
   • 若逾期不拆除，行政机关可依法采取强制措施，如查封施工现场、代履行（由政府组织拆除）等，相关费用由违法者承担。
   • 同时，违法者还可能面临每平方米100元至1000元的罚款。

2. 刑事责任：

   • 若占用永久基本农田建房的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，将依法追究刑事责任。
   • 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，非法占用基本农田五亩以上或造成耕地大量毁坏的，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或单处罚金的处罚。

二、处理程序

1. 立案调查：

   • 自然资源主管部门在发现或接到举报后，将启动执法程序。
   • 通过现场勘查、询问当事人等方式收集证据，确认违法事实及责任主体。

2. 责令整改：

   • 对正在实施的违建行为，立即下达《责令停止违法行为通知书》。
   • 对已建成的房屋，要求当事人在限期内自行拆除并恢复土地原状。

3. 强制执行与行政处罚：

   • 若当事人拒不履行整改义务，行政机关将依法采取强制措施。
   • 根据情节轻重，对违法者处以罚款，并对直接负责的主管人员和其他责任人依法给予处分。

4. 刑事责任追究：

   • 若违法行为涉及刑事犯罪，将移送司法机关处理。

三、如何追究相关责任部门和责任人

1. 明确责任主体：

   • 通过立案调查，明确占用永久基本农田建房的具体责任人和责任部门。

2. 依法追责：

   • 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分或追究刑事责任。
   • 若责任部门存在监管不力、失职渎职等行为，也应依法追究其责任。

3. 加强监督与问责：

   • 建立健全监督机制，加强对土地管理法规执行情况的监督检查。
   • 对违法违规行为及时发现、及时查处，并公开曝光典型案例，形成有效震慑。

综上所述，占用永久基本农田建房是严重违法行为，将面临严厉的行政处罚和刑事责任追究。同时，相关责任部门和责任人也应依法承担相应责任。因此，建议单位和个人严格遵守土地管理法规，不得擅自占用永久基本农田进行非农业建设。