大排量发动机更换为小排量发动机，只要按规定进行登记与备案，就是合法的。下面是详细的分析：
一. 合法更换发动机的条件与流程
发动机来源合法性：
- 更换的发动机，无论大排量还是小排量，都必须来源合法，通常应从汽车生产厂家或正规配件供应商处购买，并确保附有相应的合格证明。
申请变更登记：
- 根据《机动车登记规定》，已注册登记的机动车若更换发动机（无论排量大小），车主必须在变更后十日内向登记地车辆管理所申请变更登记。
- 申请时需提交包括机动车所有人的身份证明、机动车登记证书、机动车行驶证以及更换发动机的相关证明（如发动机合格证明、购车发票等）在内的材料。
审核与验车：
- 车辆管理所将对提交的材料进行审核，并安排车辆进行查验，以确保更换后的发动机（小排量）符合相关规定。
- 验车通过后，车管所将更新车辆档案信息，并重新核发行驶证。
遵守相关标准：
- 更换的小排量发动机应符合国家相关标准和规定，确保不影响车辆的安全性能和环保性能。
二. 私自更换发动机的后果
- 若车主未按规定进行申请和办理手续，私自将大排量发动机更换为小排量发动机，将面临与私自更换发动机相同的法律后果，包括但不限于罚款、责令恢复原状、无法通过年检以及可能的保险赔付问题。
三. 结论
综上所述，大排量发动机更换为小排量发动机，只要车主按照相关法律法规进行了正确的申请和办理手续，就是合法的。因此，我建议车主在更换发动机前，务必了解并遵循相关的法律法规和流程，包括发动机的来源、申请变更登记、审核与验车以及遵守相关标准等，以确保自身权益和行车安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。