结论前置：如果你借了别人100万，同时别人也欠你100万，但算账后你仍差别人40万，这表明双方之间的债权债务并未完全抵销。如果别人就此起诉要求你还款100万，法院将会根据双方提供的证据来判定实际应偿还的金额，而不是简单地依据起诉金额。

详细分析：

1. 债权债务的抵销：在法律上，如果双方互负债务，且债务的种类、品质相同，任何一方都可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。但抵销的前提是双方对抵销的债务无异议，且债务已经到期。在你的情况中，虽然你借了别人100万，别人也欠你100万，但算账后你仍差别人40万，这说明双方的债权债务并未完全抵销，可能存在利息、还款期限、违约金等方面的差异。

2. 起诉与证据：如果对方起诉你要求还款100万，你需要积极应诉，并提供相关证据来证明你实际应偿还的金额。这些证据可能包括借款合同、转账记录、聊天记录等，能够证明你与对方之间的债权债务关系以及实际欠款金额。法院将会根据双方提供的证据来判定实际应偿还的金额。

3. 法律后果：如果你未能按照判决来履行还款义务，对方有权申请强制执行，法院可能会冻结你的银行账户、查封你的财产等。因此，建议你积极与对方协商解决债务问题，或者通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结：在面对此类民间借贷纠纷时，建议你保持冷静，积极收集证据，并寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。