关于虚假文件罪过了追诉期后违法所得如何处理的问题，首先我们要明确的是，即便案件已经过了追诉时效，非法所得仍然需要依法进行处理。追诉时效是司法机关追究刑事责任的期限，超过这个期限后，一般不再对犯罪者进行刑事追诉，但这并不影响对非法所得的处理。

对于虚假文件罪或其他犯罪的违法所得，法律有明确的规定：

1. 追缴或责令退赔：属于犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这意味着，司法机关有权将非法所得强制收归国有，或者要求犯罪者退还原物或作价赔偿。
2. 返还被害人财产：如果财产属于被害人的合法财产，应当及时返还给被害人，以恢复其受损的财产权利。
3. 没收违禁品和犯罪工具：如果犯罪分子犯罪所得属于违禁品或供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

进一步来说，即使案件已经过了追诉时效，这些规定仍然适用。如果非法所得已被犯罪者用掉或毁坏，那么犯罪者需要用其合法财产进行赔偿，以此补偿受损的财产权，并维护社会秩序和法律尊严。

综上所述，虚假文件罪过了追诉期后，其违法所得仍然需要按照法律规定进行处理，包括追缴、责令退赔、返还被害人财产以及没收违禁品和犯罪工具等。这样的处理方式不仅符合法律的规定，也体现了对犯罪行为的打击和对社会秩序的维护。