针对你提出的问题，关于二年前确诊生殖疱疹，二年后嫖娼，司法机关如何认定犯罪，以下是我的分析：
首先，需要明确的是，生殖疱疹与嫖娼行为在法律上是两个独立的问题。生殖疱疹是一种疾病，而嫖娼则是一种违法行为。
关于生殖疱疹：
- 生殖疱疹本身并不构成犯罪，它是一种性传播疾病，属于医学范畴。确诊生殖疱疹并不直接影响司法机关对嫖娼行为的认定。
关于嫖娼行为：
- 嫖娼在我国是明确的违法行为，通常会被认定为治安案件或刑事案件（视情节严重程度而定）。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》的相关规定，嫖娼行为可能会受到行政处罚（如拘留、罚款）或刑事处罚（如有期徒刑、罚金）。
- 司法机关在认定嫖娼行为时，主要依据的是行为人的客观行为和主观故意。即，行为人是否实施了以财物为媒介的性交易行为，以及行为人是否明知自己是在进行嫖娼活动。
结合生殖疱疹与嫖娼：
- 生殖疱疹的存在不会改变嫖娼行为的法律性质。即使行为人患有生殖疱疹，只要其实施了嫖娼行为，仍然可能受到法律的制裁。
- 在某些情况下，如果行为人明知自己患有生殖疱疹仍进行嫖娼，且未采取必要措施防止疾病传播，还可能涉嫌传播性病罪或其他相关犯罪。
综上所述，司法机关在认定犯罪时，会依据行为人的具体行为和法律规定来判断。生殖疱疹本身不构成犯罪，但嫖娼行为是违法的，且可能受到法律的严厉制裁。如果你或他人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便获得准确的法律意见和帮助。