合同约定由乙方所在地人民法院管辖，若乙方公司注销，该约定管辖通常失效。以下是详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同中的协议管辖条款应当明确、具体，并且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 当乙方公司注销后，其作为法人的主体资格消灭，不再具有承担民事责任的能力，因此，原合同中关于乙方所在地人民法院管辖的约定也随之失效。

2. 实际影响：

   • 乙方公司注销后，若发生合同纠纷，原合同中的协议管辖条款将不能作为确定管辖法院的依据。
   • 在这种情况下，通常需要根据法定管辖原则来确定管辖法院，即根据合同纠纷的性质、合同履行地、被告住所地等因素来综合判断。

3. 建议措施：

   • 在签订合同时，应充分考虑合同主体的稳定性和持续性，避免因主体灭失而导致协议管辖条款失效。
   • 若乙方公司存在注销等风险，建议在合同中增加相应的备选管辖条款，以应对可能出现的情况。
   • 在发生合同纠纷时，应及时咨询专业律师，根据具体情况确定合适的管辖法院，并依法维护自身权益。

综上所述，合同约定由乙方所在地人民法院管辖的条款，在乙方公司注销后通常失效。因此，在签订合同时应谨慎考虑相关条款的设定，并在发生纠纷时及时寻求法律帮助。