处理专利纠纷的方式主要包括以下几种：
协商解决：
- 这是首选方式，双方通过自行沟通，就停止侵权行为、赔偿损失等问题达成一致解决方案。协商解决具有灵活便捷、成本低的优势，且能够保持双方的友好关系，有利于后续合作。然而，若双方分歧较大，可能难以取得实质性进展。
请求管理专利工作的部门调解或处理：
- 当事人可以请求当地管理专利工作的部门介入，进行调解或认定侵权并作出处理决定。这种方式具有程序简便快捷、费用较低、处理决定具有权威性的优点。若侵权人不履行处理决定，管理专利工作的部门还可以申请法院强制执行。但需要注意的是，处理结果可能不完全满足双方期望，赔偿数额确定可能不够精准，且不服处理决定需通过行政诉讼等程序解决。
仲裁：
- 在双方事先或事后达成仲裁协议的情况下，可以将纠纷提交给选定的仲裁机构进行裁决。仲裁程序灵活，可选择仲裁员，专业性强且保密性好，能够保护商业秘密。仲裁裁决具有终局性，国际承认和执行较容易。但仲裁费用相对较高，且纠错机制有限，对选择仲裁机构和仲裁员的能力要求较高。
诉讼：
- 这是法律保障最严格的方式，当事人可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，通过司法程序解决纠纷。诉讼具有法律程序严格保障、判决具有强制执行力、全面审查案件事实和法律适用、可追究侵权人刑事责任（情节严重时）等优点。然而，诉讼程序复杂漫长，耗费时间、精力和费用，且诉讼结果存在不确定性，可能涉及二审等程序。
综上所述，在处理专利纠纷时，应根据纠纷的性质、双方的意愿与实际情况，选择最适合的处理方式。若您面临专利纠纷，建议首先尝试协商解决；若协商无果，可考虑请求管理专利工作的部门调解或处理；若双方有仲裁协议，则可选择仲裁方式解决；若其他方式均无法解决问题，则可提起民事诉讼。在任何情况下，都应充分了解各种方式的优缺点，并在必要时寻求专业律师的协助，以确保自身权益得到充分保护。