联合体投标两家用了同一家公司资质被废标，可以通过向相关行政监督部门提交申诉材料的方式进行申诉。具体分析如下：

一. 申诉的依据

1. 招标文件的规定：首先，需要仔细审查招标文件，特别是关于联合体投标、资质要求以及废标条款的规定。如果招标文件中没有明确禁止联合体成员使用同一家公司的资质，或者存在模糊不清的情况，那么可以此为据进行申诉。

2. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》第十八条，招标人可以对潜在投标人进行资格审查，并要求提供有关资质证明文件。但该法并未明确禁止联合体成员使用同一家公司的资质。
   • 同时，应参照《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》等相关规定，看是否有关于联合体投标资质使用的具体限制。

二. 申诉的流程

1. 准备申诉材料：包括招标文件、投标文件、废标通知书以及证明联合体成员使用同一家公司资质合理性的相关证据或解释。

2. 提交申诉：将申诉材料提交给招标项目的相关行政监督部门，如合肥市公共资源交易监督管理局或省发展改革委公管办。

3. 等待回复：行政监督部门会对申诉进行审查，并可能组织专家进行复核。申诉人应耐心等待回复，并根据回复情况决定是否进一步采取行动。

三. 申诉的注意事项

1. 及时性：申诉应在废标通知书发出后的一定时间内进行，以避免超过申诉期限。

2. 准确性：申诉材料应准确、全面地反映问题，并提供充分的证据支持申诉观点。

3. 合理性：申诉理由应合理、合法，符合招标文件和相关法律法规的规定。

我建议，在申诉前，应充分研究招标文件和相关法律法规，确保申诉理由的充分性和合理性。同时，与招标人或相关行政监督部门保持沟通，了解其对联合体投标资质使用的具体要求和态度，以便更有针对性地准备申诉材料。如有进一步需要，您可以继续咨询我。