地下工程的水土保持补偿费应根据具体的生产建设活动类型及占用、损坏土地的情况，按照规定的标准计算。具体计算方式如下：

一. 计算标准

1. 对于一般生产性建设项目（不含水利水电工程建设项目中的水库淹没区）：按征占用地面积一次性计征，每平方米1.2元。
2. 对于开采矿产资源的建设项目：

    - 建设期间，按征占土地面积一次性计征，每平方米1.2元。
    - 开采期间，除石油、天然气外，其他矿产资源按开采量（采掘、采剥总量）计征，每吨0.5元。
    - 石油、天然气根据油、气生产井占地面积按年征收，每口油、气生产井占地面积按不超过2000平方米计算；对丛式井，每增加一口井，增加计征面积不超过400平方米，每平方米1.2元。
   

3. 取土、挖砂、采石及烧制砖、瓦、瓷、石灰等活动：根据取土、挖砂、采石量，每立方米0.8元计征。
4. 排放废弃土、石、渣：根据排放的土、石、渣量，每立方米0.8元计征。

二. 注意事项

• 若缴纳义务人已按上述某种方式计征了水土保持补偿费，则不再重复计征。
• 地下工程若涉及上述多种生产建设活动，应分别按照相应标准计算并合并计征水土保持补偿费。

三. 计算实例

• 假设某地下工程为一般生产性建设项目，且征占用地面积为1000平方米，则其水土保持补偿费为：1000平方米 * 1.2元/平方米 = 1200元。

我建议您根据地下工程的具体生产建设活动类型及占用、损坏土地的情况，对照上述标准进行计算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。