车辆被楼上掉下的石头砸了，应当由侵权人依法承担侵权责任，赔偿损失。具体分析如下：

一. 责任判定

1. 侵权人责任：根据《中华人民共和国民法典》第一千二百五十四条，从建筑物中抛掷物品或者从建筑物上坠落的物品造成他人损害的，由侵权人依法承担侵权责任。在本案例中，楼上掉下的石头砸坏了车辆，侵权人（即石头的主人或管理者）应当承担赔偿责任。
2. 建筑物使用人责任：如果经调查难以确定具体侵权人，除能够证明自己不是侵权人的外，由可能加害的建筑物使用人给予补偿。可能加害的建筑物使用人补偿后，有权向侵权人追偿。
3. 物业服务企业责任：物业服务企业等建筑物管理人应当采取必要的安全保障措施防止此类情形的发生；未采取必要的安全保障措施的，应当依法承担未履行安全保障义务的侵权责任。

二. 赔偿计算

• 财产损失一般按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。对于车辆损失，可以依据车辆维修费用或者市场价值进行评估，并据此确定赔偿数额。

三. 赔偿程序

• 双方当事人可以首先尝试通过协商确定赔偿数额和方式。
• 如果协商不成，可以通过调解、仲裁或诉讼等方式解决赔偿争议。

我建议，在发生此类事故后，车主应首先保留好相关证据（如照片、视频等），然后及时与侵权人或物业服务企业进行沟通协商。如果协商无果，可以寻求法律援助或提起诉讼以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。