合同协议书、通用条款、补充条款、专用条款共同构成合同的组成部分，但各自具有不同的性质和法律效力。以下是对它们之间关系的详细分析：
一. 合同协议书与通用条款
- 合同协议书：是合同双方就工程项目达成的具体协议，主要内容包括工期、价款、合同支付方式等核心条款。它是合同的主要组成部分，集中约定了合同当事人的基本权利义务。
- 通用条款：是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款。通用条款是格式条款，不容许修改，它确立了合同当事人权利义务的原则性框架。
- 关系：合同协议书与通用条款共同构成合同的内容，但合同协议书的效力高于通用条款。在合同解释和履行中，如二者存在冲突，应优先适用合同协议书的约定。
二. 补充条款与专用条款
- 补充条款：通常是在专用条款内进一步细化和补充的内容，用于对合同其他部分（包括通用条款）进行具体的、个性化的约定。
- 专用条款：是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款。专用条款是对通用条款的具体化、补充或修改，体现了合同的个性化和特殊性。
- 关系：专用条款（包括其中的补充条款）是对通用条款的细化和补充，二者共同构成了合同的具体内容。在适用上，专用条款优先于通用条款。
三. 综合分析与结论
- 合同协议书是合同的核心，它确立了合同的基本框架和主要条款，具有最高的法律效力。
- 通用条款为合同提供了原则性的框架和约定，是合同的标准化部分，不容许修改。
- 专用条款（及补充条款）是对通用条款的细化和补充，体现了合同的个性化和特殊性，其效力优于通用条款。
- 在合同解释和履行中，应首先遵循合同协议书的约定；其次考虑专用条款（包括补充条款）的约定；最后，在前三者均未涉及或约定不明的情况下，才适用通用条款的规定。
我建议在签订合同时，应仔细审查合同协议书、通用条款、专用条款及补充条款的内容，确保各条款之间的协调性和一致性，以避免后续履行过程中的纠纷和争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。