工程资料上可以盖分公司的公章，但需注意分公司行为的法律后果由总公司承担。以下是对此问题的详细分析：
一. 分公司公章的法律效力
分公司公章的合法性：分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立法人资格，但已经领取营业执照，能够成为民事诉讼的被告。因此，分公司在业务往来过程中，包括在工程资料上加盖公章，一般是具有法律效力的。
法律责任的承担：根据《公司法》第十四条第一款规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”这意味着，虽然分公司可以在工程资料上盖章，但由此产生的法律责任最终将由总公司承担。
二. 工程资料盖章的实际情况
合同签章的一致性：如果工程合同是以总公司的名义签订的，那么为了确保合同执行的一致性和法律效力的延续性，一般建议在工程资料上也加盖总公司的公章。然而，如果合同双方对分公司盖章有明确约定或认可，那么分公司盖章也是有效的。
甲方的要求：工程资料的盖章要求还可能受到甲方（即工程发包方）的具体规定或合同约定的影响。因此，在实际操作中，应充分考虑甲方的要求和合同约定，避免因盖章问题导致不必要的纠纷。
三. 风险防控建议
明确授权范围：总公司应明确对分公司的授权范围，确保分公司在授权范围内开展业务活动。对于超出授权范围的行为，总公司有权拒绝承担法律责任。
加强印章管理：总公司应加强对分公司印章的管理，建立健全的印章管理制度，明确刻章、用章流程，防止印章被滥用或盗用。
合同补充约定：如果合同已经签订且未对分公司盖章作出明确约定，双方可以通过签订补充协议的方式，对分公司盖章的有效性进行明确约定。
我的观点：在工程资料上加盖分公司公章是可以的，但应充分考虑合同签章的一致性、甲方的要求以及法律风险防控等因素。为确保合同的顺利执行和避免不必要的法律纠纷，建议在签订合同时即对分公司盖章的有效性进行明确约定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。