对于特殊建设工程面积处罚的认定，主要依据是否超规划、超面积建设，以及是否违反了土地管理法规。具体分析如下：

一. 超规划、超面积建设的处罚

• 依据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。此条款明确了对非法占用土地，特别是超规划、超面积建设的处罚措施。

二. 特殊建设工程的面积限制与处罚

• 虽然《中华人民共和国土地管理法》第六十二条主要规定了农村村民宅基地的面积限制，但同理可推，特殊建设工程也应遵循相应的面积限制，不得超出批准的范围。若超出，则可能面临类似的处罚，即限期拆除、没收或罚款等。
• 对于特殊建设工程，若其面积超出了规划或批准的范围，且该行为构成了非法占用土地，那么依据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，应受到相应的处罚。

三. 构成犯罪的追究刑事责任

• 若超面积建设行为严重，违反了土地管理法规，且构成犯罪，那么将依法追究刑事责任。这体现了法律对严重违法行为的严厉打击。

综上所述，特殊建设工程面积处罚的认定主要依据是否超规划、超面积建设，并违反了土地管理法规。若存在此类行为，将依据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定进行处罚，包括但不限于限期拆除、没收、罚款等，甚至可能追究刑事责任。因此，在进行特殊建设工程时，应严格遵守相关法律法规，确保工程面积在规划或批准的范围内。如有进一步需要，您可以继续咨询我。