企业性质判断主要由工商行政管理部门，即现在的市场监督管理局负责。

一. 负责部门

1. 工商行政管理部门：根据相关法律法规，企业的设立、变更、注销以及企业性质的判断等，均属于工商行政管理部门的职责范围。在具体操作中，这一职责现已由市场监督管理局承担。

二. 相关法律依据

• 《中华人民共和国公司法》等相关法律法规规定了工商行政管理部门（现市场监督管理局）对企业进行登记管理、监督管理的职责，这其中包括对企业性质的判断和确认。

三. 实际操作

• 例如，当一家新企业设立时，需要向市场监督管理局提交相关材料，包括企业的性质、经营范围等，由市场监督管理局进行审查并核发营业执照。同样，当企业性质发生变化时，也需要向市场监督管理局办理变更登记。

我建议，如果您对企业性质判断有具体需求或疑问，可以直接向当地的市场监督管理局咨询或查询相关官方网站获取准确信息。如有进一步需要，您可以继续咨询我。