对于侵占罪100万但仅退赃40万的情况，判决结果将综合考虑犯罪情节、退赃情况以及被告人的认罪态度，但一般可能面临较为严厉的刑罚，即二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。以下是对此问题的详细分析：
一. 侵占罪的量刑标准
数额巨大的认定：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条以及相关的司法解释，侵占他人财物数额巨大的，将面临二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。在此案中，侵占金额达到100万，显然属于数额巨大的范畴。
退赃的影响：虽然被告人退回了部分赃款（40万），但并未全额退赃。退赃是量刑时考虑的一个重要因素，它能体现被告人的悔罪态度，并可能对量刑产生积极影响。然而，部分退赃并不足以完全消除犯罪行为的严重性，因此法院在量刑时仍会考虑未退赃的部分。
二. 量刑的综合考虑因素
犯罪情节：法院会审查侵占的具体手段、侵占行为对被害人的影响等犯罪情节，以判断犯罪行为的严重性和社会危害性。
认罪态度：被告人的认罪态度也是量刑时考虑的重要因素。如果被告人能够如实供述罪行、积极配合司法机关工作，表明认罪悔罪态度良好，可能有助于获得较轻量刑。
退赃情况：虽然被告人退回了部分赃款，但法院仍会考虑未退赃的部分以及退赃的时机、方式等因素，来综合评估被告人的悔罪态度和退赃行为的真实性。
三. 实际判决的可能性
考虑到被告人侵占数额巨大且未全额退赃，法院在量刑时可能会倾向于较为严厉的刑罚，以体现对侵占行为的惩罚和预防作用。
同时，法院也会综合考虑被告人的认罪态度、犯罪情节以及其他可能的从轻或从重量刑情节，来最终确定刑罚的具体幅度。
综上所述，对于侵占罪100万但仅退赃40万的情况，被告人可能面临二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金的刑罚。具体判决结果将取决于法院对案件的综合评估和对量刑情节的考量。如有进一步需要，您可以继续咨询我。