检察院在认罪认罚的情况下可以办理轻微刑事案件赔偿保证金提存。以下是详细分析：

一. 赔偿保证金提存制度的适用条件

1. 轻微刑事案件：根据《轻微刑事案件赔偿保证金提存指导意见(试行)》及相关实践，该制度适用于可能判处三年以下有期徒刑、拘役、管制等刑罚的轻微刑事案件。
2. 认罪认罚：犯罪嫌疑人必须自愿认罪认罚，表现出积极的悔罪态度。
3. 赔偿意愿与能力：犯罪嫌疑人需有赔偿意愿且有赔偿能力，但因赔偿数额协商不一致等原因未能达成赔偿协议。

二. 赔偿保证金提存制度的具体操作

1. 缴存保证金：犯罪嫌疑人向指定的专门机构（如公证处）缴存一定数额的赔偿保证金。
2. 司法机关考量：检察机关在审查案件时，会将犯罪嫌疑人缴存赔偿保证金的行为作为不批准逮捕决定、变更为非羁押性强制措施、不起诉决定或提出从轻量刑建议等的重要考量因素。

三. 实际案例支撑

• 例如，在湖北省武汉市汉阳区的一起轻微人身伤害案件中，犯罪嫌疑人赵某在认罪认罚并愿意赔偿被害人损失的情况下，因赔偿数额协商不一致，检察机关启动了赔偿保证金提存制度。赵某家属代其到公证部门提存了赔偿保证金后，汉阳区检察院依法对赵某作出不批准逮捕决定。

综上所述，在检察院认罪认罚的情况下，确实可以办理轻微刑事案件赔偿保证金提存。这一制度不仅有助于保障被害人的合法权益，还能推动矛盾的实质性化解，减少社会对抗。如有进一步需要，您可以继续咨询我。