赔偿协议中可以包含免赔金额。免赔金额是指在保险合同中或某些赔偿协议中约定的，保险人或赔偿义务人不承担赔偿责任的金额范围。在赔偿协议中明确免赔金额，有助于双方明确责任范围，避免后续的争议。

具体来说，免赔金额的设置可以基于多种考虑，如风险分担、鼓励被保险人或受损方采取必要措施减少损失等。在赔偿协议中，双方可以协商确定一个具体的免赔金额，当损失低于这个金额时，赔偿义务人不承担赔偿责任；当损失超过这个金额时，赔偿义务人则按照协议约定进行赔偿。

例如，在一份建筑工程合同的赔偿协议中，双方可能会约定，对于因工程质量问题导致的损失，如果损失金额在5万元以下，则承包方不承担赔偿责任；如果损失金额超过5万元，则承包方需按照合同约定的方式承担相应的赔偿责任。

当然，免赔金额的设置需要双方充分协商，并确保其合法性和合理性。如果免赔金额的设置过高或过低，都可能对双方的权益产生不利影响。因此，在签订赔偿协议时，建议双方咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

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