针对您提出的“需要办理征地手续的永久占用基本农田存在哪些问题”，以下是我根据相关法律实务经验，从多个角度进行的分析：

1. 法律合规性问题：

   • 基本农田属于国家严格保护的对象，未经法定程序批准，任何单位和个人都不得擅自占用或改变其用途。因此，永久占用基本农田必须依法办理征地手续，否则将面临严重的法律责任。
   • 征地手续需遵循《土地管理法》、《土地管理法实施条例》等法律法规，包括项目立项、规划许可、用地审批、征地补偿安置等多个环节，每个环节都必须严格依法进行。

2. 征地补偿与安置问题：

   • 征地过程中，必须依法对被征地农民进行补偿，并确保其合法权益不受侵害。补偿标准应合理、公正，且需与被征地农民进行充分协商，达成补偿协议。
   • 同时，还需妥善安置被征地农民，确保其生活有保障，避免因征地而导致社会问题。

3. 土地利用效率问题：

   • 永久占用基本农田意味着该土地将不再用于农业生产，这可能对土地利用效率产生影响。因此，在征地前需充分考虑土地资源的稀缺性和不可替代性，确保征地后的土地利用效率高于原农业生产效率。

4. 生态环境保护问题：

   • 基本农田是生态系统的重要组成部分，其保护对于维护生态平衡、保障粮食安全具有重要意义。因此，在征地过程中需充分考虑生态环境保护因素，避免对生态环境造成破坏。
   • 若征地项目可能对生态环境产生不良影响，应依法进行环境影响评价，并采取相应措施予以减轻或避免。

5. 社会稳定风险问题：

   • 征地涉及农民切身利益，若处理不当可能引发社会矛盾和风险。因此，在征地前需进行社会稳定风险评估，预测并防范可能出现的风险点。
   • 同时，需加强与被征地农民的沟通与交流，了解其诉求和期望，积极化解矛盾，确保征地工作平稳进行。

综上所述，需要办理征地手续的永久占用基本农田存在法律合规性、征地补偿与安置、土地利用效率、生态环境保护以及社会稳定风险等多方面的问题。在征地过程中，必须依法依规进行，确保各方合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。