首先，如果法院判决书未对股份进行明确分清，而一方擅自办理了房产证，这种行为很可能构成违法。具体分析如下：

1. 判决书效力与股份分清：

   • 法院的判决书是有法律效力的，必须履行。如果判决书中确实没有对股份进行明确分清，那么双方应当通过协商、调解或进一步诉讼等方式来解决股份问题。
   • 在股份未分清的情况下，任何一方都不应擅自处分共同财产，包括办理房产证等。

2. 擅自办理房产证的法律后果：

   • 如果一方在股份未分清的情况下擅自办理了房产证，这可能构成对共同财产的非法处分。
   • 另一方有权向法院提起诉讼，要求确认该房产证的无效性，并追究擅自处分财产方的法律责任。
   • 在某些情况下，这种行为甚至可能构成犯罪，如侵占罪等。

3. 建议与解决方案：

   • 首先，双方应尝试通过协商或调解来解决股份问题，明确各自的权益份额。
   • 如果协商不成，可以向法院提起诉讼，请求法院对股份进行明确划分。
   • 在股份问题解决之前，任何一方都不应擅自处分共同财产，包括办理房产证等。
   • 如果已经擅自办理了房产证，应立即停止相关行为，并主动与另一方协商解决方案。如果协商不成，应尽快向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。

综上所述，如果法院判决书未对股份进行明确分清，而一方擅自办理了房产证，这种行为很可能构成违法。建议双方通过协商、调解或诉讼等方式来解决股份问题，并避免擅自处分共同财产。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。