垫付工伤签了借款协议，其效力需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、协议有效的条件
双方真实意思表示：如果垫付工伤的费用是以借款的形式进行，且双方（即借款人和出借人，通常是劳动者和用人单位或相关个人）在签订借款协议时，均出于真实、自愿的意图，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该协议在形式上可能是有效的。
行为人具有相应的民事行为能力：签订协议的双方需具备完全民事行为能力，能够理解协议内容并承担相应的法律责任。
内容合法合规：借款协议的内容必须合法，不能违反国家法律法规的强制性规定，如利率不得超过法定上限，不能约定违法的担保方式等。
形式合法：借款协议通常采用书面形式，并由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。
二、可能影响协议效力的情形
工伤赔偿与借款混同：如果借款协议实际上是为了规避工伤赔偿责任而签订的，即用人单位以借款名义支付工伤赔偿费用，试图逃避其应承担的法定赔偿责任，那么这种协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
显失公平：如果借款协议中的条款对劳动者极为不利，如借款利率过高、还款期限过短等，导致劳动者在工伤后本已困难的财务状况进一步恶化，那么该协议可能因显失公平而被撤销。
欺诈、胁迫或乘人之危：如果用人单位利用劳动者的困境或无知，通过欺诈、胁迫或乘人之危等手段迫使其签订借款协议，那么劳动者有权申请撤销该协议。
三、法律建议
明确协议性质：在签订协议前，双方应明确协议的性质是借款还是工伤赔偿，避免将两者混同。
咨询专业律师：在签订任何协议前，建议劳动者咨询专业律师，了解自己的权益和可能面临的法律风险。
保留证据：劳动者应妥善保管与工伤和借款相关的所有证据，如医疗记录、工伤认定决定书、借款协议等，以便在必要时维护自己的合法权益。
综上所述，垫付工伤签了借款协议的效力需根据具体情况综合判断。如果协议符合有效条件且不存在影响效力的情形，那么该协议可能是有效的。然而，如果协议存在违法或显失公平等情形，那么劳动者有权主张其无效或请求撤销。在任何情况下，劳动者都应咨询专业律师以获取准确的法律建议。