公司不能因员工不签字而直接罚款或扣工资。下面我将对此进行详细分析：

一. 公司罚款员工的合法性分析

1. 罚款权限：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位在特定情况下可以受到罚款的处罚，但这通常是由劳动行政部门或相关部门针对用人单位的违法行为进行的，而不是用人单位对员工进行罚款。因此，用人单位本身并不具备对员工进行罚款的法定权限。
2. 员工签字与罚款的关系：员工是否签字，并不构成用人单位罚款的合法依据。员工不签字，并不意味着用人单位可以因此扣罚其工资。

二. 公司扣工资的条件

1. 合法扣工资的情形：根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位只有在克扣或者无故拖欠劳动者工资等侵害劳动者合法权益的情形下，才可能被责令支付工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。但这并不包括员工不签字作为扣工资的理由。
2. 扣工资的合法性：用人单位扣工资必须有合法的依据，如员工违反公司规章制度、劳动合同约定等，且这些规章制度或约定必须合法、有效，并且已经过员工同意或知晓。

三. 员工不签字的处理

1. 沟通解决：如果员工对公司某项决定或制度不认可而拒绝签字，公司应首先通过沟通的方式，了解员工的具体意见和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 其他合法措施：如果沟通无果，公司可以采取其他合法措施，如依据公司规章制度进行警告、处分等，但绝不能直接扣罚员工工资或进行罚款。

综上所述，公司不能因员工不签字而直接罚款或扣工资。这种做法不仅缺乏法律依据，还可能损害员工的合法权益，引发劳动纠纷。我建议公司应依法管理，尊重员工的合法权益，通过合法、合理的方式处理与员工之间的关系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。