水利工程施工单位自检费用应由施工单位自己承担。以下是对此问题的详细分析：

一. 施工单位自检费用的承担原则

1. 自检是施工单位的法定义务：根据水利工程施工的相关法律法规，施工单位在施工过程中，有责任对工程质量进行自检，以确保工程符合设计要求和施工规范。这是施工单位的基本职责之一，也是保证工程质量的重要环节。

2. 费用承担原则：由于自检是施工单位的法定义务，因此，自检所需的费用，包括人员、设备、材料等方面的支出，理应由施工单位自己承担。这是施工单位在承接工程时应当预见并计入成本的一部分。

二. 法律依据

• 虽然具体的法律法规条文中可能未直接明确自检费用的承担主体，但根据《建设工程质量管理条例》等相关规定，施工单位应当对施工质量负责，并进行必要的检验和检测。由此可以推断，自检作为施工质量保障的一部分，其费用应由施工单位承担。

三. 实际操作中的考量

• 在实际操作中，施工单位通常会在工程预算中考虑自检费用，并将其作为施工成本的一部分。如果施工单位试图将自检费用转嫁给其他方，如建设单位或监理单位，这不仅不符合法律法规的要求，也可能引发合同纠纷。

综上所述，水利工程施工单位自检费用应由施工单位自己承担。这是施工单位的基本职责和法定义务，也是保证工程质量的重要环节。如有进一步需要，您可以继续咨询我。