刑事处罚销售假药金额不是指扣除成本后的金额，而是包括成本的。具体分析如下：

一. 销售假药罪的数额认定包括成本

• 根据《中华人民共和国刑法》第一百四十一条的规定，生产、销售假药罪是指生产者、销售者违反国家药品管理法规，生产、销售假药，足以危害人体健康的行为。在此罪名的认定中，销售假药的金额是包括成本的。

二. 销售假药罪的数额认定标准

• 根据《两高关于办理危害药品安全刑事案件若干问题的解释》，生产、销售假药的金额是判断罪行情节的重要依据。其中，销售金额二十万元以上不满五十万元的，或者销售金额十万元以上不满二十万元并具有特定情形的，都被视为“其他严重情节”。而销售金额五十万元以上的，或者销售金额二十万元以上不满五十万元并具有特定情形的，则被视为“其他特别严重情节”。这些标准都是基于销售金额（包括成本）来判定的。

综上所述，刑事处罚销售假药的金额是指包括成本在内的销售金额。这一认定标准体现了法律对销售假药行为的严厉打击，无论销售者是否盈利，只要其销售假药的行为达到一定的金额标准，就可能构成犯罪并受到相应的刑事处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。