工程签证单应当在施工过程中，完成相应工程内容后及时签署，而不是等到整个工程完成后才签。具体分析如下：

一. 工程签证单的作用

1. 确认工程量：工程签证单是施工过程中，对实际完成的工程量、工程变更、额外工作等进行确认的重要文件。
2. 作为结算依据：在工程结算时，工程签证单是计算工程造价、确定工程款项的重要依据。

二. 工程签证单的签署时机

1. 及时签署：根据工程签证单的作用，它应当在施工过程中，每当完成一部分工程内容或者发生工程变更时，就及时进行签署。这样可以确保双方对工程量、工程变更等内容的确认，避免后续产生争议。
2. 避免延误：如果等到整个工程完成后才签署工程签证单，可能会因为时间过长、记忆模糊等原因，导致对工程量、工程变更等内容的确认产生争议，甚至影响工程款项的支付。

三. 实际案例

• 例如，在某项工程中，施工单位完成了一部分挖掘工作后，应当及时与建设单位签署工程签证单，确认挖掘的工程量。如果等到整个工程完成后才签署，可能会因为挖掘工作的具体细节、工程量等问题产生争议，导致工程款项的支付受到影响。

综上所述，我建议在施工过程中，完成相应工程内容后及时签署工程签证单，以确保双方权益，避免后续产生争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。