女儿不在父亲档案中，一般无需特别处理，因为这并不影响女儿的法律地位和权利义务。以下是对此问题的详细分析：

一. 档案与法律关系

1. 档案的性质：档案通常是对个人经历、家庭关系等信息的记录，但它并不具有直接的法律效力，即档案中的记载并不直接决定个人在法律上的权利和义务。
2. 法律关系的确定：在法律上，父女关系的确定主要依据出生证明、户籍登记等具有法律效力的文件，而非档案。

二. 可能影响的情况及处理方式

1. 户籍登记：如果女儿的户籍未与父亲登记在一起，且需要证明父女关系，可以通过出生证明、亲子鉴定等方式进行证明。这些证明文件在法律上具有更高的效力。
2. 继承问题：在涉及遗产继承等法律问题时，如果需要证明父女关系，同样可以通过出生证明、亲子鉴定等法律文件来证明。档案中的记载并非唯一或决定性的证据。

三. 实际生活中的建议

• 如果女儿确实需要在档案中与父亲建立关联，例如为了某些行政手续或社会关系的证明，可以尝试联系相关部门或机构，了解是否可以通过提供法律文件（如出生证明）来更新或修正档案。
• 在日常生活中，应妥善保管好出生证明、户籍登记等具有法律效力的文件，以便在需要时能够证明自己的身份和关系。

我的观点：女儿不在父亲档案中通常不会对其法律地位和权利义务产生实质影响。如有需要证明父女关系的情况，应优先使用出生证明、亲子鉴定等具有法律效力的文件。如有进一步需要，您可以继续咨询我。