支付宝逾期多天，进厂上班发工资不会直接被扣。以下是具体的分析：
一. 支付宝逾期与工资发放的关系
- 支付宝逾期：支付宝逾期主要影响的是你在支付宝体系内的信用评分，以及可能产生的逾期费用和罚息。这是你与支付宝之间的债权债务关系。
- 工资发放：工资是你提供劳动后，用人单位根据劳动合同约定支付给你的报酬。工资的发放与支付宝逾期没有直接的法律关系。
二. 法律依据
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这表明，用人单位不得无故克扣劳动者的工资。
三. 特殊情况说明
- 如果支付宝通过法律途径追讨逾期款项，并获得法院的执行裁定，那么在某些情况下，执行法院可能会要求用人单位协助执行，从工资中扣划部分款项用于偿还债务。但这需要经过严格的法律程序，并不是支付宝逾期就会直接发生的。
综上所述，支付宝逾期多天并不会直接导致你进厂上班后发工资被扣。然而，为了避免不必要的法律纠纷和信用损失，我建议你尽快还清支付宝的逾期款项，并保持良好的信用记录。如有进一步需要，您可以继续咨询我。