两个公司有一段时间大股东相同，后来不相同了，不一定仍然构成关联公司。具体分析如下：

一. 关联公司的定义

• 根据《中华人民共和国公司法》第二百一十六条第四项，关联关系是指公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员与其直接或者间接控制的企业之间的关系，以及可能导致公司利益转移的其他关系。

二. 大股东变更的影响

1. 大股东变更前的关联关系：在两个公司大股东相同的期间，它们之间很可能存在关联关系，因为大股东有可能通过其控制力影响两家公司的决策和运营。
2. 大股东变更后的关联关系判断：大股东变更后，两家公司之间的关联关系需要重新评估。如果新的大股东并没有形成对两家公司的共同控制或重大影响，且两家公司在业务、财务、人员等方面没有保持紧密的联系或交易，那么它们可能不再构成关联公司。

三. 其他关联因素的考量

• 除了大股东之外，还需要考虑其他可能导致公司利益转移的因素，如实际控制人、董事、监事、高级管理人员的交叉任职或共同控制，以及两家公司之间是否存在重大的业务往来、资金借贷、资产转移等。

四. 结论

• 因此，两个公司有一段时间大股东相同，后来不相同了，并不必然导致它们仍然是关联公司。是否构成关联公司需要根据实际情况进行综合判断，特别是要关注大股东变更后两家公司之间的关系是否仍然紧密，以及是否存在其他可能导致公司利益转移的因素。

我建议您在具体判断时，应综合考虑两家公司的股权结构、业务往来、人员交叉任职等多方面因素。如有进一步需要，您可以继续咨询我。